Internship offer @ Gulliver Laboratory

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Lieu

Nous ouvrons une offre de stage à l’ESPCI/Université Paris Sciences et Lettres, dans le laboratoire Gulliver dirigé par Olivier Dauchot. Le laboratoire est situé dans le centre de Paris (5ème arrondissement), au cœur d’un écosystème scientifique très riche, de renommée internationale.


Le stage

Notre équipe se focalise sur la conception de programmes moléculaires (circuits ADN artificiels) et leurs applications pour l’évolution dirigée de protéines et la détection de biomarqueurs. Selon cette dernière thématique, nous développons des approches de biologies moléculaires originales qui permettent de détecter très sensiblement des séquences ADN, ARN ou des protéines. Cette expertise est aujourd’hui mise à profit pour développer une nouvelle stratégie de détection du SARS-CoV2, responsable de l’actuelle pandémie de COVID19. L’objectif de ce stage est donc d’explorer de nouvelles stratégies moléculaires qui permettent une détection rapide, sensible et spécifique de l’ARN viral, proposées comme alternative aux actuels tests PCR. Cette stratégie de détection pourra être couplée à des dispositifs microfluidiques pour permettre une détection quantitative dans des échantillons de salive par exemple.

L’étudiant(e) conduira une série d’expériences dans le but d’explorer puis d’optimiser les réactions biochimiques pour la détection d’ARN viral. Une attention particulière sera portée sur la rapidité et la simplicité de la procédure. Lors de ce processus itératif, elle/il étudiera les aspects mécanistiques en jeu et concevra des sondes moléculaires optimisées. L’apprentissage des techniques de fabrication de puces microfluidiques offrira une formation enrichie à l’étudiant(e). L’exploitation, l’analyse et la compilation soigneuse des résultats expérimentaux seront primordiales.


Profil recherché

Motivé(e) et curieux(se), vous possédez une expertise en physique, chimique et/ou biologie. Vous êtes prêt(e) à travailler sur ce projet innovant, à l’interface de la microfluidique, de la biochimie et des sciences de l’ingénieur. Vous êtes méticuleux(se) et rigoureux(se), bien organisé(e) et professionnel(le); Vous êtes créatif(ve), force de proposition et avez une attitude positive et constructive. Idéalement, vous avez déjà une expérience en biologie moléculaire ou biologie.


Début: asap                             Durée : 3 mois minimum

Contact
guillaume.gines@espci.fr

Pour en savoir plus sur la thématique de recherche : https://blog.espci.fr/guillaumegines/

Multiplexing molecular circuits

Multiplex, Isothermal Droplet Digital detection of microRNAs using DNA circuits

MicroRNAs are short endogenous RNA strands that finely tune gene expression. Countless articles have reported a link between the dysregulation of microRNA expressions and diseases including cancer or neurodegenerative diseases, among others. These disease signatures often involve more than one microRNA. Therefore, multiplex techniques for the sensitive and accurate quantification of microRNAs are needed. In this article, we solve a everlasting problem of chemical reaction crosstalks observed in nucleic acid-based technologies. We rationally designed DNA/enzyme amplification circuits that inhibit each other, preventing from chemical interferences. We demonstrated that this strategy enables to directly quantified multiple microRNAs in a droplet digital format (where each droplet contains 0, 1 or a few of either microRNAs). Up to three microRNAs have been detected simultaneously, using orthogonal DNA circuits. Next step: scale-up this strategy. Stay tuned !

Rondelez, Gines, ACS Sensors, 2020 (open access, ACS Editor’s choice)