Contexte : La création de bases de données de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) est un enjeu majeur pour l’entrainement de modèles d’IA afin de prédire la structure des petites molécules. La constitution de telles bases de données nécessite le développement de workflows computationnels pour planifier les acquisitions, traiter les données, et les formater.
Sujet : L’ingénieur·e sera chargé·e de développer les workflows computationnels haut-débit pour traiter ces données, créer les bases de données et les diffuser dans la communauté.
Profil : Nous recherchons un·e ingénieur·e bioinformaticien·ne avec une solide formation en programmation Python, traitement des données, gestion de workflow (e.g., Nextflow, Galaxy) et bases de données (e.g., PostgreSQL), et si possible une expérience des données de spectrométrie de masse MS/MS.
Laboratoire d’accueil : L’équipe Odiscé du CEA Saclay, membre de l’infrastructure nationale de métabolomique MetaboHUB, est spécialisée depuis plus de 15 ans dans le développement de méthodes en informatique mathématique (traitement du signal, machine learning, chémoinformatique, gestion de workflows) et de librairies logicielles innovantes en sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique de population.
Durée : 24 mois
Date de début du contrat : janvier 2027
Date limite de candidature : 30/10/2026
Contact : Merci d’adresser votre candidature (CV détaillé avec les expériences professionnelles, lettre de motivation, coordonnées des personnes référentes) à :
Etienne Thévenot (etienne.thevenot@cea.fr)
Equipe sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique (Odiscé)
Laboratoire Innovations en spectrométrie de Masse pour la Santé (LI-MS)
CEA, Centre de Saclay, F-91191 Gif sur Yvette, France
Team: https://odisce.github.io/
GitHub: https://github.com/odisce
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